2. tur maçları, 1978-79 türkiye amatör futbol şampiyonası'nda final grubuna kalan 4 takım, türkiye 3. ligi'nde oynayan 18 takım ve 1. turdan yükselen 27 takımla birlikte toplam 48 takımla oynanmıştır. (burdur yse yurtspor kura sonucu üst tura yükseldi.)