sergen yalçın, futbola beşiktaş'ın altyapısında başladı. burada serpil hamdi tüzün'ün türk futboluna kazandırdığı isimlerden biri oldu. 1989'da türkiye genç takımlar şampiyonluğu'nu kazanan kadroda yer aldı. gordon milne döneminde beşiktaş a takımı’na yükseldi. 1991'in başında a takım ile idmanlara çıkmaya başladı. sarıyer ile oynanan bir hazırlık maçında bir golü ve bir asisti ile adını duyurdu. 1990-91 sezonunun ikinci yarısında zaman zaman 16 kişilik kadroya girse de maçlara çıkmadı. aynı sezon beşiktaş paf takımı istanbul şampiyonluğunu da kazanırken, sergen de golleriyle takıma destek oldu.
sergen, ilk resmi maçını 1 eylül 1991'de gençlerbirliği'ne karşı oynadı.
